با توجه به سابقه دیرینه منطقه کاشان و قمصر در زمینه تولید اسانس ­ها و عرقیات گیاهی، در سال 1372 زمینی به وسعت 33 هکتار واقع در ابتدای شهر قمصر از طرف سازمان زمین شهری به منظور ایجاد مرکزی علمی- تحقیقاتی برای انجام تحقیقات پایه و کاربردی در مورد اسانس­ ها و ترکیبات طبیعی گیاهی به دانشگاه کاشان واگذار شد. پژوهشکده اسانس دانشگاه کاشان در سال 1380 با اخذ موافقت اصولی موقت از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری تاسیس شد و در سال 1383 موفق به اخذ موافقت اصولی دائم از این وزارتخانه گردید. در سال 1383 روند پیشرفت امور عمرانی پژوهشکده سرعت بیشتری گرفت و عملیات احداث فاز اول ساختمان آن با زیر بنای حدود 1500 متر مربع در دو طبقه آغاز و طی حدود دو سال و نیم تکمیل و آماده بهره برداری شد. در سال­ های 1384 و 1385 اولین و دومین دوره دانشجویان کارشناسی ارشد با عنوان شیمی آلی گرایش اسانس در این مرکز علمی شروع به تحصیل نمودند و اولین دانشجویان این دوره در زمستان سال 1386 فارغ­ التحصیل شدند.برای انطباق بیشتر مواد درسی این رشته با نیازهای فارغ­ التحصیلان آن، بازنگری جامعی در عناوین و محتوای درسی آن انجام شد و تحت عنوان رشته جدید "شیمی و فناوری اسانس"به تایید وزارت علوم، تحقیقات و فناوری رسید و از سال 89 تا سال 92 در مقطع کارشناسی ارشد این رشته دانشجو جذب شد. با هدف انطباق کامل عنوان و محتوای درسی، از سال 93 با بازنگری و اصلاح سرفصل­ های رشته "فیتوشیمی"، جذب دانشجو در این رشته در مقطع کارشناسی ارشد آغاز شد.

فضاهای فیزیکی پژوهشکده

ساختمان اصلی پژوهشکده با زیربنای حدود 1500 متر مربع در دو طبقه در شهر قمصر احداث شده است. این ساختمان دارای بخش­های زیر است:

1. پنج آزمایشگاه تحقیقاتی به شرح زیر:

الف. آزمایشگاه ترکیبات طبیعی

ب. آزمایشگاه تحقیق، توسعه و کنترل کیفی اسانس و عرقیات گیاهی

ج. آزمایشگاه میکروب شناسی

د. آزمایشگاه کشت بافت و سلول گیاهی

ﻫ. آزمایشگاه گیاه­شناسی و هرباریم گیاهی

2. کتابخانه و مرکز رایانه و اطلاع رسانی

3. اتاق مدیریت و اتاق های مخصوص اساتید،گروه های آموزشی، کارشناسان وامور اداری و اجرایی

4. سالن کنفرانس با گنجایش 40 نفر و سالن آمفی تئاتر چند منظوره با گنجایش حدود 100 نفر

5. ساختمان نگهبانی، یک واحد سوله کارگاهی، دو مزرعه آزمایشی گل محمدی به وسعت حدود 3 هکتار، فضای سبز با وسعت حدود یک هکتار و دو ساختمان به عنوان استراحتگاه اساتید

6. خوابگاه راهب احداث شده به همت خیر ارجمند جناب آقای مهندس مجید راهب مدیر عامل محترم شرکت ایران گلاب